Bouniagues est une commune française située dans le département de la Dordogne, en région Nouvelle-Aquitaine.
Située en Bergeracois, dans le sud du département de la Dordogne, la commune de Bouniagues s'étend sur 8,62 km2. Bordée à l'est par un ruisseau sans nom, affluent de la Conne, elle fait partie de l'aire urbaine de Bergerac1.

L'altitude minimale, 74 mètres, se trouve à l'extrême est, là où l'affluent de la Conne quitte la commune et sert de limite entre celles de Conne-de-Labarde et Saint-Cernin-de-Labarde. Le bourg de Bouniagues, à l'intersection de la route nationale 21 et de la route départementale 13, se situe à environ onze kilomètres au sud-sud-est de Bergerac et quinze kilomètres au nord-est d'Eymet.